Hubbardot a hívei Alapítónak nevezik. Ez egybeesik az „alapított” és az „etnikai” vallások közötti fontos különbségtétellel, amelyet az összehasonlító tanulmányokban tesznek. Az előbbiek valamilyen személytől származtatják magukat, még ha ő maga nem is gondolta, hogy ő alapította a vallást (Jézus, Konfucius, Lao-ce). Az utóbbi esetén nincsenek megjegyzendő nevek, hanem szóbeli etnikai hagyományok vannak. Bármely alapított vallás felépítése folyamán szükséges folyamat az, amikor úgy látszik, hogy egy hívekből álló belső kör gyűlik a mester köré, készen a követésére. Amikor 1954-ben néhány egyén eldöntötte, hogy megalapítja a Szcientológia Egyházat, L. Ron Hubbard természetesen ennek szellemi vezetője lett. Miután eldöntötte, hogy visszavonul a növekvő Egyház igazgatói posztjáról, az Alapító státus az idő múlásával legendássá vált.
Az a gyakran döntő pillanat, amely a vallásalapító fizikai halálát követi, a Szcientológia történetében nem volt igazán problematikus, mert Hubbard még életében átadta a hivatalos egyházvezetői funkcióit. Már 1986-ban bekövetkezett halála előtt hódolattal kezelték az Alapítót, és világszerte minden Szcientológia Egyházban szenteltek neki egy szobát. Akármilyen módon is történt, ez a fajta folyamat, vallásfenomenológiai összehasonlításban, az egyik lényeges elemnek bizonyult bármely régebbi vagy újabb vallás kialakulásakor, amely úgy tekinti, hogy valaki alapította.
Noha a Szcientológia-egyházak, -missziók és egyéb központok, illetve székhelyek egy munkahelyi szociális miliő képét mutatják, mindig helyet kap bennük egy vallási imádati hely, egy szent terület a heti áhítat és a családi szertartások számára. Az Alapító szellemét, amely a Szcientológia emberi túléléssel kapcsolatos vallási írásai szerint jelen van még azután is, hogy 1986-ban bekövetkezett halálakor „L. Ron Hubbard elhagyta testét”, sok könyve és a képe fejezi ki.
A Szcientológia Egyháznak megvan a saját mitológiája az Alapítójának életével és tanításaival kapcsolatban. Saját éves megemlékezési naptára is van, amely megemlékezik az Alapító életének és az Egyház történetének fontos évfordulóiról.
A Sea Organization (vagy Sea Org) egy speciális rend, amely 1967-ben alakult, amikor L. Ron Hubbard eldöntötte, hogy visszavonul az Egyház ügyvezető igazgatói tisztségéből, hogy egy hajón írói tevékenységére koncentráljon. Azokból, akik ekkor elsőként követték, létrejött az újonnan alapított vallás központi csoportja. Ahogy telt az idő, ez a csoport mitikus modellé vált, amelyet úgy kell tisztelni és becsülni, mint az Egyház legelkötelezettebb tagjainak belső csoportját. A Sea Organization minden tagja teljes időben a vallásért dolgozik, a magasabb szintű egyházak munkatársaként végezve szolgálatát. Bizonyíték az elkötelezettségükre, hogy a Sea Organization munkaszerződése „az elkövetkező egymilliárd évre” szól.
Ez a fajta vallási rend sok szempontból emlékeztet az olyan világvallás-alapítók köré összegyűlt tanítványok csoportjára, mint Jézus vagy Mohamed, illetve a Gautama herceg körüli szerzetesek szerzetesrendjére, amikor Buddhává vált. Ez a vallási mitológia és szimbolizmus nagyon konkrét megnyilvánulása. Mint ilyen, ez az egyik kritérium, amelyre azt a következtetésünket alapozzuk, hogy a Szcientológia egy új vallás.
Az Egyház vallási rendjének tagjainál jellemző, hogy együttesen egyfajta kiterjesztett családot alkotnak, idejük legnagyobb részét az Egyházban és az Egyházért végzett munkájuknak szentelve, ugyanakkor gondoskodva egymás napi és gazdasági szükségleteiről, még a gyermekeikéről is. Ez a fajta életvitel annyira mindenre kiterjedő, hogy a Sea Organization tagjai általában maguk között alapítanak családot. A közös tengerész-egyenruha, amelyet a Sea Organization tagjai viselnek, fontos egyesítő tényező mind érzelmi, mind társadalmi szinten.
Az Egyház tagjainak többségét olyan hívők alkotják, aki auditálásban, tanfolyamokon és a Szcientológia Egyház által kínált egyéb tevékenységekben vesznek részt, de az Egyházon kívül élnek és dolgoznak. Ők az élet minden területéről érkeznek. Részei a helyi Szcientológia-gyülekezetnek és vallási közösségnek, és az életüket különböző mértékben a Szcientológia mint vallásuk köré szervezik. A Szcientológia etikai kódexei és standardjai szerint élnek, életükben a Szcientológia alapelveit és módszereit alkalmazzák, és a gyerekeiket úgy nevelik, hogy szcientológusként éljenek és cselekedjenek.
Mitikus szempontból ez a szellemi kapcsolat a Szcientológia tanításaiban meghaladja az emberi létezés normális határait. A hinduizmusban és a buddhizmusban tanított reinkarnáció helyett a Szcientológia kifejlesztett egy speciális doktrínát az „előző életekről”. A szcientológusok esetleg megemlítik korábbi életeiket, például auditálás során, miközben haladnak a Clear és az Operatív Thetán állapot felé, amely az elme olyan harmóniája, amelyet a spirituális megvilágosodáshoz vezető út végső lépéseként érnek el a Szcientológiában – ami a buddhista megvilágosodásra emlékeztet.
A Szcientológia Egyház azután szenteli fel a lelkészeit, hogy azok meghatározott lelkészi képzésen estek át. A képzett és felszentelt lelkészek, akik egyaránt lehetnek nők és férfiak, a szertartások kézikönyvei szerint hajtják végre a szertartásokat. A fontos szent aktusok közé tartoznak azok a tevékenységek, amelyek egyrészt a heti vasárnapi egyházi szertartáshoz, másrészt az emberi életciklus legfontosabb pillanataival foglalkozó „átmeneti rítusokhoz” fűződnek. A Szcientológia Egyház precízen jár el ebben az ügyben, több mintát biztosítva a névadó, az esküvői és a temetkezési szertartásokhoz, az Alapító által megadott, mintaként szolgáló prédikációkkal.
