A Szcientológia eredete az 1930-as évekbe nyúlik vissza, amikor az amerikai L. Ron Hubbard, a Szcientológia későbbi alapítója bejárta a Keletet, és feltette a kérdést, hogy az ember miért él ennyire nyomorúságos életet. Senki sem tudott válaszolni a kérdéseire, amikor fiatalemberként megkérdezte, hogy honnan jött az ember, és hová tart.
1950-ben Hubbard írt egy könyvet az általa Dianetikának („elmén keresztül”) nevezett témában, amely az elmével kapcsolatos korai kutatásait tartalmazta. A Dianetika: A szellemi egészség modern tudománya című könyv nagyon népszerű volt, hamarosan bestseller lett, és eddig több mint 17 millió példányban kelt el. Ahogy a Dianetika-mozgalom növekedett, és a kutatás kiterjedt az elméről a szellemre, megszületett egy új tárgy – a Szcientológia –, és 1954-ben megalakult az első egyház az Egyesült Államokban. A Dianetika röviddel ezt követően jutott el először Japánba, de az első hivatalos Szcientológia misszionáriusi terjeszkedés 1962-ben történt, és ez Japánban a Szcientológia történetének tényleges kiindulópontja. 1962. szeptember 10-én zsúfolt nézőtér előtt tartották meg az első hivatalos előadást a Szcientológiáról.
A „Szcientológia” szó a latin scio (jelentése: „tudni, a szó legteljesebb értelmében”) és a görög logosz (jelentése: „tanulmányozni”) elemekből származik.
A Szcientológia: A gondolkodás alapjai című könyvben Hubbard leírja, hogy a tárgykör valójában a pszichológia gyökereiből ered, de meg kell értenünk, hogy nem a jelenlegi pszichológiából származik, hanem a korábbi pszichológiából, amelyet a világ vallásai azelőtt tanítottak, hogy a tárgykörből a 19. században eltávolították annak spirituális lényegét.
A pszichológia szó szerinti jelentése: „a lélek, a szellem tanulmányozása”. A mai pszichológia elveszítette ezt a jelentést, és már nem vizsgálja a lelket, nem ismeri el érvényes vizsgálódási területként. Ebben az értelemben a Szcientológia nagyon más, mivel igenis tanulmányozza a lelket, a szellemet, a világ legtöbb nagy vallásához hasonlóan.
A vallásokban általánosan elfogadott, hogy az emberi szellem összefüggésben áll ennek az univerzumnak a nagy „életerejével”. De a „szellem” szó nehezen definiálható. Van, aki úgy gondolja, hogy a szellem valójában az emberi elme. De a Szcientológiában a „szellem” kifejezés azt jelenti, hogy „saját magunk”, és sokkal többet jelent, mint csupán az elmét. Az egyik japán sintó vallásban (szeicsó-no-ie) ezt egy bizonyos módon fejezik ki, amit „Isten gyermeke”-ként lehetne lefordítani. Ez a „hime” vagy a „hikó” japán szónak felelne meg. A Szcientológiában L. Ron Hubbard megalkotta a thetán szót a szellem jelölésére használt görög betűből, mivel egyetlen más létező szó sem tudta pontosan leírni a fogalmat.
A vallásokban általánosan elfogadott, hogy az emberi szellem összefüggésben áll ennek az univerzumnak a nagy „életerejével”. Van, aki úgy gondolja, hogy a szellem valójában az emberi elme. De a Szcientológiában a „szellem” kifejezés azt jelenti, hogy „saját magunk”, és sokkal többet jelent, mint csupán az elmét.
Az, hogy olyan új fogalmakra, amelyekre nincs létező szó, új szavakat alkotnak, nem újdonság a vallás területén. Japánban Kobodaisi mester, a singon (nagyon régi és hagyományos, nagy ezoterikus buddhista szekta) alapítója sok szót alkotott, amelyek kifejlesztésére szükség volt ahhoz, hogy a vallást gyakorolni lehessen.
Ugyanakkor a Szcientológiában nem alkottak új szót Istenre. Még ha Isten körülhatárolása nem is része a Szcientológiában vizsgált területnek, és a tagoknak egyéni elképzeléseik lehetnek arról, hogy mi ez a kifejezés, és mi nem, a rá használt szavak a következők: „a Legfelsőbb Lény”, a „végtelen”, „minden mindensége”, „az univerzum létrehozója” és persze „Isten”.
Ellentétben más vallásokkal, a Szcientológiának nincs kifejezett dogmája Isten fogalmáról, inkább lehetővé teszi a személy számára, hogy saját megértését alakítsa ki arról, hogy ő maga hogyan illeszkedik az univerzumba és a dolgok természetébe. És ebből azután következhet a hit. Úgy tűnik, a Szcientológia tanulói nemcsak mindenféle életterületről és nemzetiségből származnak, hanem nagyon sokféle vallási hátterük is van. Az, hogy valaki egynél több vallás tagja legyen, Japánban és a Keleten nagyon megszokott dolog. E tradíció alapján a Szcientológia egyes japán tanulói sem adják fel korábbi vallásukat, hanem – jelen sorok írójának megértése szerint – a Szcientológiában tanultakat korábbi vallásos elkötelezettségük és Istenben való hitük megerősítésére használják. Ez fogalmilag valamelyest hasonlít ahhoz, ami a szeicsó-no-ie nevű viszonylag új sintó vallásban történik, amelynek szintén vannak buddhista, keresztény és más hitekből jövő követői.